ד"ר בן שחר מתמחה במיקרוביולוגיה יישומית של אצות ופטריות, ומוביל מחקרים לפיתוח תהליכים ביולוגיים ברי-קיימא לגידול, מיצוי וניצול מיקרואורגניזמים למגוון שימושים תעשייתיים, כמו ייצור חלבון וחומרים פעילים ביולוגית. מחקרו מתמקד בשילוב עקרונות כלכלה מעגלית ובמקסום ניצול פסולת חקלאית, במטרה לקדם פתרונות סביבתיים חדשניים ויעילים. המחקר מתבצע באזורי הגולן והגליל, המתאפיינים במגוון אקולוגי רחב ואקלים מגוון, המהווים בסיס למחקר מתקדם אשר תורם לאתגרים גלובליים. המעבדה בראשותו מבצעת בידוד, זיהוי ויישום של חומרים טבעיים ממקורות מגוונים – מיקרואורגניזמים, צמחים ופסולת חקלאית. חומרים אלה עוברים מבחנים ביולוגיים לצורך פיתוח חומרי הדברה, תוספי תזונה, תרופות וקוסמטיקה. בשיתוף עם חוקרים ויזמים, ד"ר בן שחר פועל לתרגם את ממצאי המחקר החדשני לפתרונות יישומיים בני-קיימא בתעשייה המקומית עם פוטנציאל להשפעה עולמית.